生男生女主要是由XY染色体决定的，第三代试管婴儿技术可以有多种方式在将胚胎植入到女性子宫前检测胚胎性别，一是对胚胎培养到第五天的囊胚进行PGS检测，了解胚胎性别；二是在受精前，利用精子分离术对精子进行挑选，形成相应性别的胚胎再进行植入。不管是何种方式，其精确度和健康性都是有科学理论和医学技术支持的。
生男莫羡生女秒，生女莫盼生男好。第三代试管婴儿技术的存在并不是为了人们去选择生男孩是生女孩，它的初衷是利用科学医疗技术帮助那些无法自然受孕的家庭，以及通过性别选择来避免宝宝遗传性疾病（比如有的遗传性疾病传男不传女，所以需要通过第三代试管婴儿进行性别筛查，选择健康的女宝胚胎植入）。
